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长链非编码RNA(lncRNAs)测序

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长链非编码RNAs(lncRNAs)测序

产品描述信息

     长链非编码RNAs(long non-coding RNAs, lncRNAs)是一类长度超过200ntRNA,且不参与编码蛋白质功能(不含rRNA),广泛分布于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多个水平的调控过程,在生命机体活动中起到重要的作用。lncRNAs测序是运用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,可以一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具与策略。

产品详细信息

 

1、性价比高:最少量的样品,一次测序可得到数百万条序列,单次运行可经济分析多个样品;

2、技术稳定,建库重复性好:同一样本重复建库相关性P值大于0.993

3、数据量产出大:基于高通量测序技术,可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和全面性;

4、分析结果全面:不局限于对已知lncRNA的研究,还可预测和研究潜在的lncRNA分子; 

5、灵敏度高:数字化信号,灵敏度高,可以准确检测到痕量表达的lncRNA

6、除人和鼠外,还可应用于其他真核物种,可共同制定定制化研究方案。

样品类型:RNA

样品浓度:≥200 ng/ul

样品总量:≥15ug;单次文库制备用量分别为5ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量(不包括样品检测损耗);

样品纯度:OD260/2801.8~2.2OD260/230≥1.0260nm处有正常峰值;无基因组DNA污染;

RNA完整性:电泳检测28S/18S≥1.5。(据送样日最近的电泳结果)

         采用RNA-seq测序技术,对14个中国前列腺癌病人的转录组进行全面分析,结果在每个样本中平均发现了1599个已知的lncRNA。通过肿瘤样本和正常样本进行分析,发现了406个有差异表达的lncRNA。该研究找到了中国人群特异的融合基因,同时还鉴定了大量的差异表达的lncRNA。通过对lncRNA和基因表达的关系分析显示,lncRNA有可能有转录调控之外的其他功能。这些研究结果为进一步了解前列腺癌的诊断、发病演化机制和种族差异性提供了新的线索。

图1 137个差异表达的lncRNA对基因表达的分析显示:其中23个lncRNA的表达和上百种基因的表达明显相关,而其他的却没有明显关系。这些数据表明lncRNA可能还拥有转录调控之外的其他功能

图2 lncRNA中的DD3,FR0257520,FR0348383,MALAT1在前列腺癌和正常对照中的差异表达

[1]Lin M F, Regev A, Pauli A, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. 2013.

[2]Ren S, Peng Z, Mao J H, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings[J]. Cell research, 2012, 22(5): 806-821.

[3]Pauli A, Valen E, Lin M F, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. Genome Research, 2012, 22(3): 577-591.

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