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lncRNA芯片

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lncRNA芯片

产品描述信息

lncRNA是长度>200个核苷酸的非编码RNA转录本,不但参与多种生物学进程,扮演多种角色(如剪接、转录干扰、转录后调控、基因组印迹、染色质修饰、细胞周期调控、表观遗传学调控、免疫监视等), 而且广泛参与机体的生理和病理过程。

  研究人员利用lncRNA芯片可以快速通量获得对照样本与实验样本的表达差异lncRNA,为后续其功能的验证以及生物标志物的筛选提供参考。

产品详细信息

 

技术平台

  

  主要Affymetrix平台,Affymetrix芯片是集原位光刻合成寡核苷酸专利技术、高密度的点阵技术以及独特的PM-MM探针设计为一体的,具有种类丰富、信息量大的特点。

 

技术流程

 

 

lncRNA芯片

  

  基于Affymetrix平台的全转录组芯片、Clariom D芯片和Clariom S芯片均可提供全转录组(mRNAlncRNA)基因水平分析解决方案。

 

高分辨率的基因表达芯片--HTA2.0芯片

  GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片包含了超过六百万条不同探针,覆盖超过285,000个全长转录本(>245,000个编码转录本和>40,000个非编码转录本)。

 

 

芯片特点

 

 

n 芯片设计和注释的数据库来源广,如RefSeqEnsemblUCSCVega databaseMCv10)lncRNA db

n 每个外显子设计约10条探针,每个外显子之间的剪接点有4条探针

n 重复性高(批内相关系数≥0.99),变异系数(CV< 6.5%

n FFPE样本和新鲜冻存样本应用此芯片均可获得有意义的结果

 

深度广度并重的转录组水平分析--Clariom D芯片

 

新一代全面高解析度转录组水平分析工具,帮助加速生物标记物探索与发现研究,以最快路径发现组学特征结果。Clariom D assays具有人、大鼠、小鼠三种完整解决方案,仅需一次实验即准确分析编码RNA和非编码RNA的基因水平、外显子水平与可变剪切变化信息等,从而帮助科研工作者高速快捷的发现生物标记物。

 

芯片特点

 

n 快速准确的从15个数据库超过540,000个转录本中发现鉴定疾病相关标记物

n 从编码RNA、非编码RNA中检测基因水平、外显子水平及可变剪切信息

n 低丰度和极低丰度转录本均可检测

n 获得全面转录组数据,最低仅需100pgRNA10个细胞)

n 适用不同类型样品,如全血、FFPE样品、新鲜及新鲜冻存样品、培养细胞等

 

全转录组基因水平分析--Clariom S芯片

 

为科研工作者提供快速、便捷以及灵活的方式检测全转录组基因水平变化。探针覆盖所有注释明确的基因,兼容不同类型样品包含临床来源样品,多种格式包含单张卡式芯片及高通量板式芯片满足不同样品通量研究需要。它是简单、高速、低成本地研究注释明确基因的最好工具。

 

芯片特点

 

l 准确检测覆盖超过20000个注释明确基因的基因水平表达变化

l 按需选择合适格式满足不同样品通量研究需要,可每天处理1192个样品

l 获得全面表达谱数据,最低仅需100pgRNA10个细胞)

l 适用不同类型样品,如全血、FFPE样品、新鲜及新鲜冻存样品、培养细胞等

 

特别推荐

 

 

相关案例

 

A Cytoplasmic NF-κB Interacting Long Noncoding RNA Blocks IκB Phosphorylation and Suppresses Breast Cancer Metastasis A Cytoplasmic NF-kB iteracting long noncoding RNA Blocks 

研究思路:

NF-κB是细胞内最重要的核转录因子,参与多种基因的表达和调控。很多胞外刺激信号(促炎症细胞因子TNF-α、白介素IL-1、细菌脂多糖(LPS)、各种物理和化学压力等)都可以引起NF-κB 信号通路的激活, 对肿瘤的发生发展起到促进或者抑制作用。

第一确定实验材料方法。本研究选择炎症因子TNF-α,IL-1bLPS处理过的乳腺癌细胞为材料进行研究,研究人员lncRNA芯片对上述样本进行检测芯片结果发差异倍数10以上的23上调lncRNAs28下调lncRNAs

第二根据实验结果,结合研究目的确定候选对象。 本研究经过筛选确定NKILAchromosome 20q1320染色体长臂13下来的研究对象

三步目标基因在大量样本中进行验证。利用Q-PCR上千例乳腺癌组织中检测NKILA表达情况结合临床数据分析,NKILA表达与乳腺癌预后不良显著相关,作为潜在的生物标记物。

四步:利用基因过表达和敲实验方法探索目标基因功能。研究人员利用细胞系和小鼠模型NKILA表达和除进行功能研究。再结合RIPRNA pull down实验方法探索其分子机制结果表明NKILA能够NF-κB通路相互作用,通过结合NF-κB /IκB抑制IKK诱导IκB磷酸化,导致NF-κB信息活,从而抑制乳腺癌肿瘤转移。

 

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